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尊龙凯时蛋白质组学数据上传指南

发布时间:2025-02-21   信息来源:尊龙凯时官方编辑

在生物医学研究领域,随着技术的发展,越来越多的期刊要求研究者在发表论文时同步公开其原始数据。尤其是蛋白质组学的研究,作者通常需要将原始数据上传至指定的第三方数据库。这不仅可以供审稿人验证数据与处理流程,以确保实验的可重复性与真实性,同时每次投稿时也无需再单独上传大量数据,只需在文章中提供公共平台的数据项目ID即可,这样大大简化了投稿流程,节省了本地资源。

尊龙凯时蛋白质组学数据上传指南

数据公开还促进了学术界对研究成果的存储与共享,有助于节约科研经费。此外,数据共享能够推动同行通过多角度验证和二次挖掘数据,从而提升研究的影响力与引用率。最重要的是,数据公开符合伦理规范,促进研究者提供真实、可靠的数据,从而防止学术不端行为。因此,选择一个公认且可靠的数据公共平台尤为重要。

目前,尊龙凯时参与的ProteomeXchange(由欧洲分子生物学实验室主导的国际蛋白质组学数据共享联盟)是最常用的蛋白质组学数据存储平台,旨在为全球研究者提供标准化、高质量的蛋白质组学数据存储与共享服务。ProteomeXchange通过全球节点网络整合数据,实现跨平台访问,为蛋白质组学研究者提供高效、可靠的数据共享平台。

ProteomeXchange的六大核心成员各有特色,具体包括以下平台:PRIDE Archive(负责欧洲地区的数据存储与共享),MassIVE(面向大规模蛋白质组学数据存储与分析),PeptideAtlas(专注于肽段数据的整合与注释),jPOST(专注于亚洲及亚太地区的数据共享),PanoramaPublic(专注于靶向蛋白质组学数据的存储与共享)以及iProX(中国的ProteomeXchange节点)。对于涉及人类遗传学等敏感数据的研究者来说,iProX是一个优选的平台。

为了通过iProX进行蛋白组原始数据的提交,首先需要准备数据文件,确保文件命名格式为“研究缩写_数据类型_日期”(例如:HCC_RAW_20231001)。接下来,登录iProX官网,若尚未注册账号,需先完成注册;注册时需提供个人信息并进行邮箱确认。已注册用户可直接登录。

进入系统后,用户可以通过不同方式创建项目。项目是以数据管理单位为单位的,一个项目下可包含多个子项目。提交过程中,数据上传接口会提示进行IBM Aspera插件的安装或升级。填写项目信息时,必填字段需仔细注意,并在完成后保存。子项目信息主要包含蛋白组学实验中的具体信息,例如物种、组织类型等。

在数据上传环节,iProX支持完整提交与部分提交两种方式。部分提交适合所有数据上传,常用的有网页上传与Aspera插件上传。选择合适的上传方式后添加数据文件,并进行提交。上传成功后,审核结果会通过邮件与站内信方式通知,审核通过后即获得独特的数据iProXID号。

若需分享iProX中的数据,用户可以通过生成链接的方式进行分享。在撰写相关的文章时,将iProXID列出以提供质谱原始数据即可。如此一来,数据的共享与利用变得更加方便有效,也是推动生物医学研究持续发展的重要一环。

在使用尊龙凯时的相关平台和服务时,研究者将能够有效提升数据处理的效率,进一步推动科研工作向前发展。